Budovanie samostatných cyklotrás mimo vozovky je jasným prínosom pre bezpečnosť cyklistov, ale aj pre plynulejšiu jazdu motorovými vozidlami, keďže pomalšie idúci cyklisti „nezavadzajú“ na ceste :-)
Neočakávané (alebo očakávané?) problémy však môžu nastať v križovatkách. Pri jazde vo vozovke stačí prísť ku križovatke, počkať v najhoršom niečo do 100 sekúnd, čo býva dĺžka jedného cyklu, počas ktorého sa vystriedajú všetky fázy – smery križovatky. Potom skočí zelená a nasleduje prejazd cez celú križovatku na jeden raz.
Ak však cyklotrasa vedie po obvode križovatky, signál voľno znamená len voľno na jednom priechode z viacerých. V lepšom prípade sa dá prejsť cez celú križovanú ulicu, v horšom len cez jej polovicu na stredový ostrovček.
Extémnym prípadom je bratislavská križovatka Mlynské nivy – Košická – Svätoplukova – Prievozská. Touto päťramennou križovatkou prechádza hlavná mestská cyklotrasa R17. Len cez túto jednu križovatku vedie 8 priechodmi, z toho 6 je svetelne riadených. Na porovnanie, ak by cyklista išiel po ceste, zo Svätoplukovej na Prievozskú by mal len jeden semafor.
Cyklotrasa je tu vedená pomerne krkolomne, najskôr križuje Svätoplukovu ulicu. Cez Mlynské nivy prechádza prakticky stredom tejto dvojkrižovatky, medzi Svätoplukovou a Košickou. Následne prekonáva aj južné rameno Košickej. Poznámka: k novembru 2023 ešte nie sú dobudované cyklopriechody cez Košickú, prebieha však výstavba pokračovania cyklotrasy smerom na východ.
V smere do centra trvá prejazd 130 metrov dlhej trasy približne 2 a pol minúty. Naopak je to ešte o minútu dlhšie. Priemerná rýchlosť prejazdu križovatkou tak vychádza na 2,2 km/h. Voči prejazdu vo vozovke je to zdržanie 2 minúty len na jednej križovatke, čo je nepríjemné. Horšie však je, ak sa takýchto križovatiek nakopí viac za sebou.
Prejazd (a prechod) vidno na nasledujúcom videu:
Riešenie, alebo aspoň zmiernenie popísaných problémov nie je jednoduché a bude zrejme kombináciou viacerých prvkov, keďže ide o zložitú a vyťaženú križovatku, ktorá je koordinovaná so susednými.
Pri jazde už z Dunajskej ulice niečo pomôže prejazd na južnú stranu ulice už pri Továrenskej a prekonanie Košickej v priamom smere, čo ušetrí časť semaforov. Táto trasa však ešte nie je kompletne dostavaná.
Doplnenie cyklopriechodov na všetkých ramenách križovatky, ideálne s indikáciou najrýchlejšej cesty v danom čase je ďalšou možnosťou.
Potom sú tu úpravy v rámci svetelnej signalizácie, teda povolenie priamej jazdy cyklistov súčasne s pravým odbočením áut (v prípade vyššie sa to týka najmä vjazdu do Svätoplukovej). Najmä v slabšej premávke majú niektoré smery voľno, pričom z nich neprichádzajú žiadne vozidlá. Križujúci chodci a cyklisti musia zbytočne čakať (alebo prechádzajú na červenú).
Ako už bolo spomenuté vyššie, riešenie čo najplynulejšieho prejazdu cyklistov bude neľahké, no je to problém, ktorému sa treba venovať s pribudajúcim počtom samostatných cyklotrás i cyklistov ich využívajúcich.